En règle générale, lorsque la DCPAF est seule présente sur un site, elle y assure l'ensemble des missions dévolues à la police nationale.
Elle est également chargée de conduire, au plan central et au plan territorial, sous l'autorité, respectivement, du directeur général de la police nationale dans le premier cas et des préfets de zone dans le second cas, l'animation, la coordination opérationnelle et informationnelle en matière de lutte contre l'immigration irrégulière.
Elle assure, au plan national, la sécurité sur l'ensemble des réseaux ferrés. Elle met en oeuvre, anime et évalue les directives et les objectifs nationaux fixés en ce domaine par le ministre chargé de l'intérieur. Elle dispose, pour l'exécution de cette mission, de moyens propres à compétence nationale (brigade des chemins de fer de la DCPAF). Elle anime l'action conduite en la matière par les brigades des chemins de fer zonales et coordonne celle développée par tous les services de sécurité intervenant sur le réseau ferré (services de la police et de la gendarmerie nationales, surveillance générale de la SNCF).
Elle est responsable de la coordination nationale des centres de coopération policière et douanière (CCPD) mis en place avec les partenaires européens.