La direction générale des systèmes d'information et de communication comprend les sous-directions suivantes :
- la sous-direction de la stratégie ;
- la sous-direction de l'architecture et de l'ingénierie ;
- la sous-direction de la sécurité des systèmes d'information ;
- la sous-direction des communications électroniques et des fréquences ;
- le bureau des affaires générales.
Elle comprend également, relevant directement du directeur général :
- le fonctionnaire de sécurité des systèmes d'information du ministère de la défense ;
- l'officier général chargé des fréquences ;
- des chargés de mission et des conseillers.