La sous-direction du marché du transport aérien a la charge des questions relatives au fonctionnement du marché.
En liaison avec les autres ministères concernés, elle s'assure du respect de la réglementation relative à la concurrence, au contrat de transport aérien et à la distribution des produits du transport aérien.
Elle participe à l'élaboration et à la mise en oeuvre du régime de responsabilité et d'assurance des transporteurs aériens.
Elle est l'interlocuteur des auxiliaires de transport, des agences de voyages et des associations d'usagers.
Elle est chargée des questions relatives à la définition et à la mise en oeuvre des obligations de service public sur certaines liaisons aériennes ainsi que de la gestion, pour la section transport aérien, du fonds d'intervention pour les aéroports et le transport aérien (FIATA).
Elle traite des questions relatives aux tarifs aériens et aux affectations des compagnies aériennes sur les aéroports français.
Elle suit les questions relatives à la réglementation concernant l'attribution des créneaux horaires ainsi que les travaux des comités de coordination des aéroports français. A ce titre, elle instruit les décisions concernant la coordination des aéroports et les règles locales d'attribution de créneaux horaires.