Le conseil général est organisé en sections correspondant à ses grands domaines d'intervention.
Des instances spécialisées sont également constituées au sein du conseil général.
Le conseil général délibère en assemblée plénière, en assemblée générale, en comité permanent, en section et, le cas échéant, en sections conjointes.
L'assemblée plénière traite des questions entrant dans les attributions de l'ensemble du corps des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts. Elle comprend tous les membres du conseil général.
L'assemblée générale traite des questions relevant de la compétence du ministère de l'agriculture. Elle comprend :
- les ingénieurs généraux du génie rural, des eaux et des forêts en position d'activité au ministère de l'agriculture, ainsi que ceux qui sont affectés dans les établissements publics placés sous sa tutelle ;
- les ingénieurs en chef du génie rural, des eaux et des forêts visés à l'article 4 ;
- les ingénieurs généraux du génie rural, des eaux et des forêts en position d'activité dans des ministères autres que celui de l'agriculture.
Les directeurs d'administration centrale sont associés de plein droit à l'assemblée générale.
Le conseil général peut se réunir également en assemblée restreinte réservée à ses membres permanents.
L'assemblée plénière et l'assemblée générale du conseil général sont présidées par le ministre de l'agriculture ou, en son absence, par le vice-président, délégué à cet effet. En cas d'empêchement du vice-président, elles sont présidées par le plus ancien président de section en titre.