L'établissement est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général. Le conseil d'administration comprend, outre son président, pour moitié des représentants de l'Etat et pour moitié des représentants des départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle, de la région Alsace, de l'institut du droit local et du conseil interrégional des notaires.
Le président du conseil d'administration et le directeur général sont nommés par décret.