Les commissions sont réunies au moins une fois par an.
Elles sont présidées par le préfet de région ou son représentant.
Les commissions se prononcent par un vote, après débat, sur chacune des demandes qui leur sont soumises. Le fonctionnement des commissions est en outre soumis aux dispositions du chapitre III du décret du 28 novembre 1983 susvisé. Seules prennent part au vote les personnes présentes membres de la commission.
Préalablement à la tenue des commissions, des auditions peuvent être organisées à l'occasion desquelles des ensembles peuvent être invités à présenter des extraits de leurs travaux aux membres des commissions.