La sous-direction de l'Europe, de l'Afrique et du Moyen-Orient comprend :
Le bureau Europe ;
Le bureau Proche et Moyen-Orient - Communauté des Etats indépendants ;
Le bureau Afrique-Maghreb.
Chaque bureau exerce les attributions de la sous-direction sur les pays relevant de sa zone de compétence. Il est chargé des relations économiques, financières et commerciales bilatérales avec ces pays et réalise la synthèse de la préparation des dossiers à caractère bilatéral. A ce titre, il coordonne l'activité du réseau des missions économiques à l'étranger dans sa sphère de compétence. En liaison avec celles-ci, il élabore la stratégie bilatérale de la France en matière financière, économique et commerciale, en privilégiant l'analyse du contexte régional des pays dans lesquels ces missions se situent.