Le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse est assisté d'un secrétariat qui assure la réception et la distribution du courrier, la centralisation et le contrôle du courrier parlementaire et des questions écrites, le suivi des dossiers signalés et réservés sur instruction du directeur.
Il traite en liaison avec la direction de l'administration générale et de l'équipement l'ensemble des questions relatives à la gestion des personnels, des locaux et des moyens matériels affectés aux services centraux de la protection judiciaire de la jeunesse.
Il est en outre chargé d'établir les propositions de distinctions honorifiques.