Le président arrête l'ordre du jour des séances de la commission qui ne peut se réunir valablement que si ses cinq membres sont présents ou remplacés par leurs suppléants. Les membres ne peuvent siéger lorsqu'ils sont personnellement intéressés à l'objet de la délibération.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres. Elles sont secrètes. Les séances ne sont pas publiques.
Le secrétariat de la commission est assuré par les services du ministre chargé de la marine marchande.