La mission Europe et régions participe à la définition et coordonne la mise en oeuvre des programmes communautaires financés par le FEOGA au titre du règlement « développement rural » et participe à la définition et à la mise en oeuvre des programmes d'initiative communautaire et d'autres actions financées par les fonds structurels. Elle participe, dans le cadre interministériel, à la définition et à la mise en oeuvre de la politique régionale européenne.
Elle participe au suivi de ces politiques et contribue à leur évaluation et à leur contrôle.
Elle participe à l'élaboration et à l'évaluation des politiques de zonage européen d'intervention économique.
Elle coordonne, dans le cadre interministériel, la politique du ministère et l'intervention des différentes directions du ministère en matière de relations contractuelles avec les collectivités territoriales, notamment en préparant et en assurant le suivi des contrats de plan Etat-région.