Chaque école doctorale appartient à titre principal à une université ou à un établissement habilité à délivrer le doctorat.
Plusieurs établissements publics d'enseignement supérieur, autorisés à délivrer seul ou conjointement le doctorat, peuvent demander conjointement l'accréditation d'une école doctorale. Sauf exception scientifiquement motivée, ces établissements doivent être localisés sur un même site.
Par convention, d'autres établissements d'enseignement supérieur peuvent être partenaires des écoles doctorales accréditées, en assurant des enseignements au sein de ces écoles doctorales et en accueillant dans leurs laboratoires des étudiants en formation. La liste de ces établissements figure dans la demande d'accréditation.
Un annuaire des écoles doctorales accréditées et des diplômes habilités est mis à jour tous les ans.