L'établissement est administré par un conseil d'administration de dix-huit membres qui comprend :
1° Neuf représentants de l'Etat :
- un membre du conseil général des ponts et chaussées, nommé par arrêté du ministre chargé des transports ;
- le directeur des transports terrestres ou son représentant ;
- le directeur des routes ou son représentant ;
- le directeur du transport maritime, des ports et du littoral ou son représentant ;
- le directeur du Trésor ou son représentant ;
- le directeur du budget ou son représentant ;
- le directeur de la prévision ou son représentant ;
- le directeur des études économiques et de l'évaluation environnementale ou son représentant ;
- le délégué à l'aménagement du territoire et à l'action régionale ou son représentant.
2° Quatre parlementaires désignés, deux par l'Assemblée nationale, deux autres par le Sénat ;
3° Deux représentants des collectivités territoriales, nommés par arrêté du ministre chargé des transports sur proposition, pour l'un, de l'Association des régions de France et, pour l'autre, de l'Association des départements de France ;
4° Trois personnalités qualifiées nommées, deux par arrêté du ministre chargé des transports, la troisième par arrêté du ministre chargé de l'économie et des finances.
La durée du mandat des administrateurs est de trois ans renouvelable. Toutefois, le mandat des membres désignés en qualité de parlementaire ou de représentant des collectivités territoriales prend fin s'ils perdent avant l'expiration de cette durée la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés.
Les fonctions de président et d'administrateur ne sont pas rémunérées.
Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
Les délibérations sont prises à la majorité simple des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le contrôleur financier et l'agent comptable assistent, avec voix consultative, aux délibérations du conseil d'administration.