Le conseil d'administration comprend, outre le président :
1° Sept représentants de l'Etat :
a) Le directeur de l'administration générale au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
b) Le directeur de l'architecture et du patrimoine ou son représentant ;
c) Le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
d) Le directeur de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
e) Le directeur du budget ou son représentant ;
f) Le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant ;
g) Un conservateur régional de l'archéologie désigné par le ministre chargé de la culture ;
2° Deux représentants des organismes de recherche et d'enseignement supérieur :
a) Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
b) Le premier vice-président de la conférence des présidents d'université ou un autre membre de cette instance désigné par lui ;
3° Deux représentants des collectivités territoriales, désignés conjointement par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé de la recherche ;
4° Deux représentants des personnes publiques et privées concernées par l'archéologie préventive, désignés conjointement par les mêmes ministres ;
5° Quatre membres élus par les personnels de l'établissement et parmi eux ;
6° Quatre personnalités qualifiées dans le domaine de l'archéologie :
a) Deux désignées par le ministre chargé de la culture ;
b) Deux désignées par le ministre chargé de la recherche.
Le directeur général, le directeur chargé des questions scientifiques et techniques, le contrôleur financier, l'agent comptable, ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président, assistent aux séances avec voix consultative.