En application des orientations générales définies par le secrétaire général mentionné au décret du 28 juillet 2006 susvisé, la direction générale des douanes et droits indirects assure la gestion des personnels de ses services déconcentrés.
Elle oriente, anime et évalue l'activité de ses services, auxquels elle alloue les moyens selon les procédures qu'elle définit.
Elle élabore et met en oeuvre les méthodes et instruments d'analyse, de prospective et de contrôle de gestion. Dans ce cadre, elle veille à promouvoir la déconcentration et la modernisation des procédures.