Le président de chaque comité régional est nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture parmi les membres professionnels.
Lors de sa première réunion, chaque comité régional désigne des vice-présidents qui ont pour mission de suppléer le président quand il se trouve empêché. Leur désignation est soumise à l'agrément du ministre chargé de l'agriculture.