La sous-direction « progiciel interministériel » construit et administre le progiciel mis à la disposition des utilisateurs, en liaison avec les ministères utilisateurs, la direction de la réforme budgétaire, la direction du budget et la direction générale de la comptabilité publique.
Elle comprend cinq départements :
- le département « expertise fonctionnelle » ;
- le département « architecture technique » ;
- le département « développement et maintenance » ;
- le département « sécurité, métrologie et recette » ;
- le département « relations et services aux partenaires ».
Le responsable de la sous-direction est assisté de chefs de projet par version de progiciel.