L'Institut national des hautes études de sécurité est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur, assisté d'un secrétaire général.
Il dispose de deux organes d'orientation :
- pour le département chargé de la formation, des études et de la recherche, un comité scientifique tel que défini au titre III ;
- pour le département intitulé Observatoire national de la délinquance, un conseil d'orientation tel que défini au titre IV.