Le Conseil général vétérinaire conseille les ministres, directeurs et chefs de services de l'Etat sur toutes les questions relevant des compétences des inspecteurs de la santé publique vétérinaire. A ce titre, il peut, à la demande du ministre chargé de l'agriculture ou d'autres ministres :
- être consulté pour la conception, l'élaboration, la mise en oeuvre, le contrôle et l'évaluation des politiques publiques ;
- réaliser des missions d'études, d'enquête, d'audit, d'expertise et de médiation.
Le Conseil général vétérinaire est saisi par lettre des ministres ou de leurs délégataires. Les questions à caractère interministériel font l'objet d'une saisine conjointe par les ministres compétents.
Il peut également, de sa propre initiative, émettre des propositions, avis et recommandations relevant des missions permanentes ou temporaires qui lui sont confiées.