La commission comprend six membres nommés par arrêté du Premier ministre pour une durée de trois ans renouvelable : un inspecteur général des finances, un inspecteur général de l'administration, un inspecteur général des affaires sociales, un inspecteur général de l'agriculture ainsi que deux personnalités qualifiées dans le domaine de compétence de la commission ayant la qualité de fonctionnaire de catégorie A en activité ou honoraire. Pour chacun des membres, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions.
Le président de la commission est nommé par le Premier ministre parmi les membres titulaires.
Le secrétaire général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne (SGCI) ou son représentant peut assister aux réunions de la commission en qualité d'observateur, sauf lorsque celle-ci délibère sur les déclarations de validité.