La dotation globale versée par la caisse de prévoyance sociale de Mayotte est financée, d'une part, par le produit de la contribution au régime d'assurance maladie-maternité de Mayotte prévue à l'article 21 de l'ordonnance no 96-1122 du 20 décembre 1996 relative à l'extension et à l'adaptation à la collectivité territoriale de Mayotte des dispositions législatives du titre Ier du livre VII du code de la santé publique, au statut du personnel et au financement de l'établissement public de santé territorial de Mayotte ainsi qu'à la réforme du statut de la caisse de prévoyance sociale de Mayotte, d'autre part, par un versement des régimes métropolitains d'assurance maladie qui participent au financement de la dotation globale hospitalière mentionnée à l'article L. 174-1 du code de la sécurité sociale. Le versement de ces régimes métropolitains est égal à la différence entre le montant de la dotation globale de l'établissement public de santé territorial et le produit de la contribution mentionnée à l'alinéa précédent.
Un arrêté des ministres chargés de l'agriculture, du budget, de l'outre-mer et de la sécurité sociale détermine les critères de la répartition du versement entre les régimes métropolitains intéressés.