Les frais bancaires d'ouverture et de gestion de comptes, y compris les intérêts débiteurs et créditeurs générés sur ces comptes, sont éligibles lorsque la mise en oeuvre d'une opération nécessite l'ouverture d'un compte ou de plusieurs comptes séparés, rendue obligatoire par une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les frais de conseil juridique, les frais de notaire, les frais d'expertise technique financière sont éligibles s'ils sont liés et nécessaires à l'opération.
Les honoraires d'expertise comptable, de tenue et de certification de la comptabilité du bénéficiaire résultant de l'application des règlements européens relatifs aux fonds structurels sont éligibles au titre des frais généraux liés et nécessaires à l'opération.
Les coûts des garanties fournies par une banque ou un autre organisme financier sont éligibles si ces garanties sont requises par la législation communautaire ou nationale. Elles font l'objet d'une clause explicite dans l'acte attributif de l'aide.
Les amendes, les pénalités financières et les frais de contentieux ne sont pas éligibles aux fonds structurels.
Dans le cas d'un marché public de travaux, la retenue de garantie devient éligible dès lors qu'elle est effectivement versée au moment du solde du marché. Les retenues de garantie non payées à la clôture des paiements du programme ne sont pas éligibles.