Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est désigné par le ministre de l'intérieur.
Il assiste de droit, ou est représenté, avec voix consultative, aux séances des instances du groupement.
Il a accès à tous les documents relatifs au groupement et dispose d'un droit de visite dans ses locaux.
Il a un droit de veto suspensif de quinze jours pour les décisions dont il estime qu'elles compromettent le bon fonctionnement du groupement. Pendant ce délai, l'autorité qui a pris la décision procède à un nouvel examen.
Il adresse chaque année au garde des sceaux, ministre de la justice, au ministre de l'intérieur et au ministre chargé des finances un rapport sur l'activité et la gestion du groupement.