Les écoles doctorales sont accréditées, après une évaluation nationale, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur dans le cadre du ou des contrats d'établissement, lorsqu'ils existent, et au maximum pour la durée des contrats. Pour les établissements ne bénéficiant pas de contrat, l'accréditation est prononcée pour une durée équivalente, en cohérence avec la politique de site. L'accréditation précise le ou les champs disciplinaires concernés.
L'évaluation nationale est conduite par l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur dans le cadre de critères rendus publics et applicables à chaque école doctorale. Elle comporte une évaluation scientifique et une évaluation de la qualité de la formation doctorale, notamment au regard de chacune des missions définies aux articles 2 et 4 ci-dessus. Elle prend en compte les résultats issus des dispositifs d'auto-évaluation des écoles doctorales que les établissements mettent en oeuvre.
Afin de garantir la connaissance la plus large possible de l'offre de formation doctorale française, un annuaire des écoles doctorales accréditées est régulièrement mis à jour.