La commission et son bureau disposent d'un secrétariat permanent animé par un secrétariat technique.
Celui-ci organise les réunions de bureau en concertation avec ses membres. Il est placé sous l'autorité du président de la commission et il est placé administrativement auprès de la mission pour l'action internationale des organisations non gouvernementales de la direction générale de la coopération internationale et du développement (DGCID) du ministère des affaires étrangères.