Chaque section est dirigée par un doyen, assisté d'un bureau d'au moins deux membres, et administrée par une assemblée de section. A ce titre, l'assemblée de section définit les orientations scientifiques de la section en liaison avec le projet d'établissement, à la conception duquel elle est associée en matière d'enseignement, de recherche et de relations internationales.
Le doyen de section est élu par l'assemblée de section parmi les enseignants-chercheurs et personnels assimilés affectés à l'école. Son mandat est de quatre ans, renouvelable une fois.
Il préside l'assemblée de section ainsi que toutes commissions créées à l'initiative de cette assemblée qui en définit les missions et se prononce sur les rapports.
L'assemblée de section comprend les enseignants-chercheurs de la section, des représentants des autres enseignants affectés à l'école, des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé et des étudiants de la section.
Le règlement intérieur de l'école fixe les conditions d'élection des doyens de section et le nombre et les modalités de désignation des représentants aux assemblées de section.