Un projet annuel de protocole d'évaluation précise, pour chaque établissement, les ensembles d'épreuves proposés aux élèves et le calendrier des contrôles. Le document est adressé à une commission académique d'harmonisation et de proposition des notes, placée sous l'autorité du recteur, qui valide le document, lequel est ensuite adressé pour information au conseil d'administration de l'établissement. Le protocole est porté à la connaissance des élèves.
Présidée par le recteur ou son représentant, la commission académique est composée du ou des inspecteurs d'académie-inspecteurs pédagogiques régionaux d'éducation physique et sportive et d'enseignants d'éducation physique et sportive.