La présidence de la commission interdépartementale est décidée par accord des préfets concernés. Elle peut être déléguée à leurs représentants respectifs dans le département ainsi qu'à une ou des personnalités qualifiées qu'ils désignent dans leur département respectif sur proposition du conseil d'administration du centre de gestion interdépartemental. Le délégué appelé à siéger comme président dirige les délibérations mais ne participe pas au vote.