Pour l'exercice de ses attributions, le ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche a autorité sur la direction de l'enseignement supérieur, la direction de l'enseignement scolaire, la direction de la recherche, la direction de la technologie, la direction de l'évaluation et de la prospective, la direction des personnels enseignants, la direction de l'encadrement, la direction des personnels, de la modernisation et de l'administration, la direction des affaires financières, la direction des affaires juridiques, la direction des relations internationales et de la coopération, la délégation à la communication, la mission scientifique, technique et pédagogique, l'inspection générale de l'éducation nationale, l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche, l'inspection générale des bibliothèques ainsi que sur les autres services énumérés au premier alinéa de l'article 1er du décret du 7 avril 2003 susvisé.
Pour l'exercice de ces mêmes attributions, il dispose, en tant que de besoin, notamment pour l'attribution des aides aux associations qui prolongent l'action de l'enseignement public, de la direction de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Il dispose du conseil consultatif de l'internet et de la délégation aux usages de l'internet.
Il peut faire appel à la direction du développement des médias, à l'agence pour le développement de l'administration électronique et au conseil stratégique des technologies de l'information.