Le président de l'université Paris-Dauphine est élu par l'ensemble des membres des trois conseils réunis en assemblée, à la majorité des membres en exercice de celle-ci dans les conditions définies à l'article L. 712-2 du code de l'éducation et du décret pris pour son application. Il est choisi parmi les enseignants-chercheurs en exercice. Le mandat du président est soumis aux dispositions de l'article L. 712-2 du code de l'éducation.
Il est assisté d'un bureau élu sur sa proposition composé notamment des vice-présidents des trois conseils et d'un secrétaire général nommé dans les conditions prévues à l'article L. 953-2 du code de l'éducation.