Le conseil d'administration comprend vingt-six membres :
- un président ;
- deux parlementaires désignés respectivement par l'Assemblée nationale et le Sénat ;
- sept représentants du ministre des affaires étrangères ;
- trois représentants du ministre de l'éducation nationale ;
- un représentant du ministre chargé du budget ;
- un représentant du ministre de la fonction publique ;
- un représentant du ministre chargé du commerce extérieur ;
- un membre du Conseil supérieur des Français à l'étranger ;
- deux représentants d'organismes gestionnaires d'établissements conventionnés, désignés par le ministre des affaires étrangères ;
- deux représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger désignés dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères ;
- cinq représentants du personnel en service tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence, désignés par les organisations syndicales représentatives dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères.