La commission se réunit au moins deux fois par an.
La commission siège valablement dès lors que le nombre des membres présents est supérieur à la moitié du nombre total des membres dont elle est composée.
Lorsque, en cas d'absence, ils ne sont pas remplacés par un suppléant, les membres de la commission peuvent donner délégation de vote à un autre membre. Dans ce cas, aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.
Les décisions sont prises à la majorité des voix.
Le directeur et l'agent comptable de la caisse gestionnaire assistent aux réunions de la commission.
La caisse gestionnaire du régime des prestations familiales rembourse les frais de déplacement des membres de la commission. Elle rembourse également aux employeurs la rémunération maintenue des membres salariés de la commission exerçant leurs fonctions pendant leur temps de travail ainsi que les avantages sociaux y afférents.
A l'exclusion des représentants des employeurs, les membres de la commission ayant la qualité de travailleur indépendant peuvent percevoir des indemnités pour perte de leurs gains. Ces indemnités sont fixées par arrêté du préfet de Mayotte.