Le contrôle des conditions de production est placé sous la responsabilité de l'Institut national des appellations d'origine.
Les modalités d'organisation du contrôle des conditions de production sont définies par une convention, approuvée par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, entre le directeur de l'Institut national des appellations d'origine et l'organisme agréé de l'AOC « Barèges-Gavarnie ». Cet organisme est agréé par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, après avis du syndicat de défense de l'appellation d'origine contrôlée « Barèges-Gavarnie ». Cet agrément n'entrera en vigueur qu'une fois la convention signée.