Après avis du comité consultatif et de la commune de Marseille, et en accord avec le conservatoire du littoral, propriétaire du site, le préfet confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle à une fondation, au propriétaire des terrains classés, une collectivité locale, une association régie par la loi du 1er juillet 1901, un établissement public ou un groupement d'intérêt public. Pour assurer la conservation du patrimoine naturel et de la biodiversité de la réserve qui ont motivé son classement, le gestionnaire conçoit et met en oeuvre un plan de gestion écologique de la réserve. A cette fin, il s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel et de son évolution. Le premier plan de gestion est soumis par le préfet après avis du comité consultatif à l'agrément du ministre chargé de la protection de la nature. Le plan de gestion est agréé par le ministre après avis du Conseil national de la protection de la nature. Le préfet veille à sa mise en oeuvre par le gestionnaire. Les plans de gestion suivants sont approuvés après avis du comité consultatif par le préfet, sauf si ce dernier estime opportun, en raison de modifications des objectifs, de solliciter à nouveau l'agrément du ministre.