Le Conseil général vétérinaire délibère en comité de direction, en assemblée restreinte, en section simple ou conjointe ou en assemblée plénière.
Le comité de direction, composé du vice-président, du secrétaire général, des présidents de sections et de commissions, de l'inspecteur général de la coopération internationale et de l'inspecteur général représentant des chargés de mission permanente d'inspection interrégionale, constitue l'instance de concertation, de coordination et de contrôle interne au Conseil général vétérinaire.
L'assemblée restreinte réunit les membres permanents. Elle traite des questions de fonctionnement courant du conseil général, des missions confiées aux inspecteurs généraux et peut être appelée à prendre des décisions lorsque l'urgence ne permet pas de rassembler l'ensemble des membres du conseil.
La section simple regroupe les membres d'une section et traite des questions relevant des compétences de ladite section. Lorsqu'une question relève des attributions de plusieurs sections, elle est examinée conjointement par les sections concernées.
L'assemblée plénière du Conseil général vétérinaire est présidée par le ministre de l'agriculture ou, en son absence, par le vice-président. En cas d'empêchement de celui-ci, elle est présidée par le secrétaire général ou le plus ancien président de section en titre.
L'assemblée plénière comprend tous les membres du Conseil général vétérinaire.
Peuvent en outre participer à ses travaux mais sans voix délibérative :
- de plein droit, les directeurs d'administration centrale ;
- sur invitation du président ou du vice-président, des fonctionnaires de catégorie A relevant d'autres ministères.