Le directeur central de l'infrastructure de l'air, officier général de l'armée de l'air, est assisté d'un directeur adjoint civil du corps des ingénieurs des ponts et chaussées et d'un directeur adjoint militaire.
Le directeur adjoint civil est compétent pour l'ensemble du service, sauf pour ce qui concerne les attributions spécifiques au directeur adjoint militaire. Il assure les liaisons avec les services du ministère de l'équipement, des transports, du logement, du tourisme et de la mer.
Le directeur adjoint militaire a autorité sur la sous-direction du génie de l'air et de l'infrastructure en opération et les formations du génie de l'air. Il assure les liaisons avec les états-majors et les organismes militaires.