Le préfet de région définit par arrêté préfectoral les priorités locales d'intervention du plan végétal pour l'environnement conformément à l'article 3.
Le préfet s'appuie sur les différents outils de diagnostic de la situation qualitative des eaux et des zones à risque au regard de l'érosion, en prenant en compte les zones spécifiques déjà délimitées (zones vulnérables, zones d'érosion, zone de protection de bassin versant), les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, les diagnostics régionaux établis et publiés par les groupes régionaux d'actions visant à réduire les pollutions de l'eau par les produits phytosanitaires ou toute autre étude locale validée.
Les priorités d'intervention sont fixées en cohérence avec celles retenues par les autres financeurs de ce plan et en concertation avec les organisations professionnelles agricoles représentatives. Elles sont établies après concertation avec les autres financeurs, du préfet coordonnateur de bassin, des missions interservices de l'eau des départements, la direction régionale de l'environnement et la direction régionale de l'agriculture et de la forêt.
En fonction des enjeux environnementaux de la région, le préfet de région établit une zone géographique spécifique pour l'intervention du plan et peut être conduit à réduire la liste des investissements éligibles fixée par la circulaire prévue à l'article 3 de cet arrêté.