L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint et d'un secrétaire général.
Il comprend l'Institut des régions chaudes et l'antenne de Florac, ainsi que des départements de formation, unités de recherche, services et instituts créés par délibération du conseil d'administration.