Le fromage bénéficiant de l'appellation d'origine contrôlée « Comté » est fabriqué exclusivement avec du lait de vache mis en oeuvre cru. A l'exception d'un écrémage partiel, d'un emprésurage, d'un ajout de ferments lactiques, tout autre retrait ou ajout à ce lait est interdit. Ce fromage est un fromage à pâte cuite, pressée et salée en surface ou en saumure. Au moment de sa commercialisation, sa pâte est de couleur ivoire à jaune, présentant généralement une « ouverture » susceptible d'atteindre la dimension d'une petite cerise.
Il contient au minimum 45 grammes et au maximum 54 grammes de matière grasse pour 100 grammes de fromage après complète dessiccation et présente une teneur en matière sèche qui ne doit pas être inférieure à 62 grammes pour 100 grammes de fromage. Sa teneur en sel n'est pas être inférieure à 0,6 gramme de chlorure de sodium pour 100 grammes de fromage. L'humidité dans le fromage dégraissé (HFD) n'est pas supérieure à 54 %.
Le fromage se présente sous la forme d'une meule, d'un poids de 32 à 45 kilogrammes, d'un diamètre de 55 à 75 centimètres, ayant un talon droit ou légèrement convexe d'une hauteur de 8 à 13 centimètres, à croûte frottée, solide et grenée, de couleur jaune doré à brun. L'épaisseur au centre de la meule ne dépasse pas la hauteur en talon affectée du coefficient 1,4.
Le fromage bénéficiant de l'appellation d'origine contrôlée « Comté » peut également se présenter sous forme de conditionnement en portions ou en râpé.