Le préfet, après avoir demandé l'avis de la commune de Saint-Denis-du-Payré, confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle au propriétaire, à une fondation, à une collectivité territoriale, à une association régie par la loi du 1er juillet 1901 ou à un établissement public.
Pour assurer la conservation du patrimoine naturel et de la biodiversité de la réserve, l'organisme gestionnaire conçoit et met en oeuvre un plan de gestion écologique de la réserve qui s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel et de son évolution.
Le premier plan de gestion est soumis par le préfet, après avis du comité consultatif, à l'agrément du ministre chargé de la protection de la nature. Ce plan de gestion est agréé par le ministre après avis du Conseil national de la protection de la nature. Le préfet veille à sa mise en oeuvre par le gestionnaire.
Les plans de gestion suivants sont approuvés par le préfet, après avis du comité consultatif. Toutefois, le préfet peut, si des modifications d'objectifs le justifient, solliciter à nouveau l'agrément du ministre.