Chaque centre départemental de documentation pédagogique est dirigé par un directeur nommé pour une période de trois ans renouvelable, parmi les fonctionnaires de catégorie A par le recteur, sur proposition du directeur du centre régional, après avis de l'inspecteur d'académie, directeur des services départementaux de l'éducation, et du directeur du Centre national de documentation pédagogique.
Le directeur peut se voir confier des responsabilités sur l'ensemble de l'académie. Il assure, sous l'autorité du directeur du centre régional et dans le cadre des délégations que celui-ci lui accorde, la gestion du centre départemental et des personnels qui y sont affectés.