Chaque organisme certificateur agréé adresse chaque année aux ministres chargés de l'agriculture et de la consommation un rapport d'activité incluant notamment un bilan de son fonctionnement, un état récapitulatif des actions correctives demandées aux bénéficiaires de la qualification et des sanctions prononcées à leur encontre. Ce rapport est transmis à la Commission nationale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations.
Dans chaque région où il intervient, l'organisme certificateur communique à la direction régionale de l'agriculture et de la forêt, chaque trimestre au moins, une liste des coordonnées et noms des responsables des exploitations qualifiées de la région. Il lui adresse, en outre, chaque année un rapport de son activité dans la région incluant notamment les principales caractéristiques des exploitations qualifiées, un bilan de son fonctionnement et un état récapitulatif des actions correctives demandées aux bénéficiaires de la qualification et des sanctions prononcées à leur encontre. Ce rapport est transmis à la commission régionale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations.
L'organisme certificateur tient à la disposition du public des documents décrivant ses conditions générales de qualification et de contrôle. Sous réserve des échanges d'informations entre organismes certificateurs, nécessaires à l'exécution par ceux-ci de leurs missions de contrôle ou d'information de l'autorité administrative, l'organisme certificateur ne peut rendre publiques les informations confidentielles dont il pourrait avoir connaissance à l'occasion de ses activités.