Le contrôle des centres agréés, notamment en ce qui concerne le respect du cahier des charges, la pérennité des moyens dont il a été fait état lors de la demande d'agrément et le bon déroulement des formations est assuré par les fonctionnaires habilités à cet effet.
En cas de déficience d'un organisme de formation agréé, en termes de moyens ou de mise en oeuvre des formations considérées, en cas d'agissements répréhensibles ou de cessation d'activité, l'agrément peut être suspendu ou retiré par le ministre chargé des transports par une décision motivée et à l'issue d'une procédure contradictoire.