Des contrôles sur pièces et sur place sont effectués pour vérifier le respect des conditions requises pour l'octroi de la subvention. Ils sont effectués par le préfet, par l'Office national interprofessionnel des viandes, de l'élevage et de l'aviculture (OFIVAL) et par le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA) dans le cadre de leurs attributions respectives.
Les contrôles administratifs et sur place sont réalisés conformément aux dispositions des articles 66 à 73 du règlement (CE) n° 817/2004. Le contrôle administratif est exhaustif et porte sur la conformité réglementaire des dossiers dans le cadre de leur instruction et également sur la conformité des investissements réalisés par rapport à la décision attributive de la subvention. Il s'effectue lors de la demande et à réception des pièces justificatives mentionnées à l'article 15. Les contrôles sur place sont réalisés sur échantillonnage et ils portent sur la totalité des engagements et des obligations d'un bénéficiaire qu'il est possible de contrôler au moment de la visite.
Des contrôles a posteriori peuvent également être effectués en application du règlement (CEE) n° 4045/89.
En cas de non-respect des conditions d'octroi, la subvention peut faire l'objet de sanctions (réduction ou suppression de l'aide, assortie d'un régime de pénalités). Les sanctions sont proportionnées à la gravité des anomalies ou manquements constatés et s'appliquent selon les dispositions énumérées aux articles 17, 18 et 19 suivants. Elles ne sont pas appliquées en cas de force majeure tel que défini à l'article 39 du règlement (CE) n° 817/2004 et peuvent ne pas être appliquées en cas de circonstances particulières graves tenant à la situation économique, sociale ou personnelle du bénéficiaire.
L'exploitant est avisé des constats effectués et peut présenter ses observations.