Le conseil scientifique comprend, outre le président de l'établissement :
1° Le vice-président du Conseil national de la recherche archéologique ;
2° Sept personnes élues au sein de chacune des catégories suivantes de personnels exerçant des fonctions scientifiques dans le domaine de l'archéologie, dont :
a) Deux par les personnels d'enseignement et de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements d'enseignement supérieur ;
b) Deux par les personnels de recherche exerçant leurs fonctions dans les établissements de recherche ;
c) Deux par les personnels du ministère chargé de la culture exerçant leurs fonctions dans les services des directions régionales des affaires culturelles chargés de l'archéologie ;
d) Un par les personnels des collectivités territoriales exerçant leurs fonctions dans un service d'archéologie de collectivités territoriales ;
3° Quatre personnes choisies en raison de leurs compétences dans le domaine de l'archéologie préventive :
a) Deux désignées par le ministre chargé de la culture ;
b) Deux désignées par le ministre chargé de la recherche ;
4° Cinq membres élus par les agents de l'établissement appartenant à la filière scientifique et technique et parmi eux.