L'arrêté préfectoral annuel visé à l'article 2, paragraphe 2, fixe les montants départementaux par hectare par zone et sous-zone pour les surfaces fourragères et les surfaces cultivées. Certains montants départementaux peuvent être fixés au-dessus des montants nationaux de référence, à condition que la moyenne départementale des montants pondérés par hectare soit inférieure ou égale au montant national de référence. Cette moyenne est établie distinctement par type de zone défavorisée.
Pour les départements d'outre-mer, les montants sont fixés dans les plans de développement rural régionaux. Ils doivent être en moyenne inférieurs à 250 EUR/ha pour les zones de montagne et haute montagne et à 150 EUR/ha pour les autres zones ; toutefois, des paiements d'un montant supérieur peuvent être prévus dans des cas dûment justifiés.
Si la surface agricole de l'exploitation est répartie sur plusieurs zones défavorisées ou sous-zones départementales délimitées dans l'arrêté préfectoral de zonage visé à l'article 2, paragraphe 2, la prime à l'hectare de surface fourragère est calculée proportionnellement à la représentation de chaque zone ou sous-zone défavorisée au sein de la surface agricole utilisée.
2. Pour les prairies situées dans la zone du marais poitevin, les montants nationaux de référence par hectare sont majorés de 60 EUR dans le marais desséché et de 121 EUR dans le marais mouillé.
3. Dans les communes de la Haute-Corse classées en zone affectée de handicaps spécifiques, les montants unitaires maxima sont fixés à 128 EUR/hectare pour les surfaces fourragères et à 120 EUR/hectare pour les surfaces cultivées.
4. Une majoration des montants par hectare est appliquée pour les 25 premiers hectares de surfaces fourragères ou cultivées. Cette majoration est de 30 % dans la zone de piémont et la zone défavorisée simple et de 35 % en montagne et haute montagne. Dans les départements d'outre-mer, le préfet détermine l'application ou non de cette majoration dans le cadre du programme de développement rural adopté en application de l'article 15 du règlement (CE) n° 1698/2005 susvisé.
5. Une majoration du montant par hectare est appliquée aux élevages dont plus de la moitié du cheptel, compté en nombre d'UGB, est constitué d'ovins et de caprins, si ces animaux pratiquent la transhumance entre le 15 juin et le 15 septembre. Cette majoration est respectivement de 10 % pour les zones de haute montagne et de montagne et de 30 % pour les zones de piémont et défavorisée simple.
Dans les cas où sont déclarées à la fois des surfaces éligibles en fourrage et en cultures, les surfaces cultivées sont majorées en priorité.