Le préfet de région définit par arrêté préfectoral les priorités locales d'intervention du plan végétal pour l'environnement conformément à l'article 3, pour les seuls enjeux de lutte contre l'érosion, de réduction de la pollution des eaux par les produits phytosanitaires, de réduction de la pollution des eaux par les fertilisants, de réduction de l'impact des prélèvements sur la ressource en eau et de maintien de la biodiversité.
Le préfet s'appuie sur les différents outils de diagnostic de la situation qualitative des eaux et des zones à risque au regard de l'érosion, en prenant en compte les zones spécifiques déjà délimitées (zones vulnérables, zones d'érosion, zone de protection de bassin versant), les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, les diagnostics régionaux établis et publiés par les groupes régionaux d'action visant à réduire les pollutions de l'eau par les produits phytosanitaires ou toute autre étude locale validée.
Les priorités d'intervention sont fixées en cohérence avec celles retenues par les autres financeurs de ce plan et en concertation avec les organisations professionnelles agricoles représentatives. Elles sont établies après concertation avec les autres financeurs, du préfet coordonnateur de bassin, des missions interservices de l'eau des départements, la direction régionale de l'environnement et la direction régionale de l'agriculture et la forêt.
En fonction des enjeux environnementaux cités au premier alinéa du présent article, le préfet de région établit une ou plusieurs zones géographiques spécifiques pour l'intervention du plan et peut être conduit à réduire la liste des investissements éligibles fixée par la circulaire prévue à l'article 3 du présent arrêté. Le préfet de région a également la possibilité de fixer des critères plus restrictifs que ceux définis à l'échelle nationale. Ces critères sont précisés dans l'arrêté préfectoral prévu au premier alinéa.