Si la modification substantielle porte sur des éléments du dossier sur lesquels se prononcent à la fois le ministre chargé de la santé et le comité de protection des personnes concerné, le promoteur soumet simultanément ou non la demande de modification substantielle à ces deux organismes.
Si la modification substantielle porte sur des éléments du dossier sur lesquels se prononce uniquement le ministre chargé de la santé ou le comité de protection des personnes concerné, le promoteur soumet la demande de modification substantielle au seul de ces organismes concerné. Dans ce cas et en application de l'article R. 1123-35 du code de la santé publique, le promoteur informe le second organisme des modifications apportées dès que la décision du premier est acquise.