Le conseil d'orientation de l'établissement comprend :
1° Un président nommé par décret du Premier ministre sur proposition conjointe des ministres chargés de la tutelle ;
2° Trois collèges comprenant vingt-six membres :
a) Six membres constituant le collège des personnes qualifiées, choisies en raison de leur compétence dans les domaines de la recherche, des sciences et de l'enseignement, désignés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle ;
b) Six membres constituant le collège des professionnels : le directeur général de l'établissement et le responsable des collections et des activités scientifiques du musée national, ainsi que deux responsables des services scientifiques et culturels de l'établissement et deux personnels scientifiques ou chargés d'action culturelle appartenant à des établissements culturels, désignés par arrêté du ministre chargé de la culture ;
c) Quatorze membres constituant le collège des partenaires, choisis parmi les représentants des associations et institutions partenaires de l'établissement, dont un représentant nommé sur proposition du maire de Paris, désignés par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.
Le président et les membres du conseil d'orientation sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le conseil d'orientation de l'établissement désigne en son sein quatre représentants au conseil d'administration, dont trois membres du collège des partenaires et un membre du collège des personnes qualifiées.
Le président du conseil d'administration assiste au conseil d'orientation de l'établissement avec voix consultative.