Le ministre de l'intérieur est le coordonnateur national de l'INPT et est garant de sa cohérence d'ensemble.
Un comité de pilotage, dont la composition est fixée par arrêté du ministre de l'intérieur pris conjointement avec les ministres intéressés, réunissant les représentants des ministères concernés et des services utilisateurs, propose, sur la base d'indicateurs fournis par le coordonnateur national, les orientations relatives au déploiement des réseaux, à leur fonctionnement et à leurs évolutions.
Un arrêté du ministre de l'intérieur pris conjointement avec les ministres intéressés fixe ces orientations.