Le conseil est présidé par un conseiller d'Etat en activité ou honoraire, qui assure également la présidence de chacune des deux sections.
Le président est suppléé par un autre conseiller d'Etat en activité ou honoraire ou par un maître des requêtes au Conseil d'Etat.
Le président et son suppléant, les membres du conseil et leurs suppléants sont nommés par le ministre chargé de la santé pour une durée de quatre ans renouvelable. Les suppléants ne peuvent assister aux séances qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Chaque représentant des administrations de l'Etat mentionnées au 1° de l'article R. 6141-6 et au 1° de l'article R. 6141-8 dispose d'un suppléant.
Chaque représentant des autres catégories de membres mentionnés aux 2° à 7° de l'article R. 6141-6 et aux 2° à 6° de l'article R. 6141-8 dispose de deux suppléants.
Les membres du conseil décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions au titre desquelles ils ont été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date où aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.